ภาควิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์ เริ่มก่อตั้งในปีพ.ศ. 2531 ในสมัยคณบดีวีระพันธุ์ มุสิกสาร (ดำรงตำแหน่ง พ.ศ. 2530-2534) โดยมีอาจารย์สินชัย กมลภิวงศ์เป็นหัวหน้าโครงการจัดตั้งภาควิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์ ได้รับการจัดตั้งเป็นภาควิชาในสังกัดคณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2535 มีนักศึกษารุ่นแรกในหลักสูตร 4 ปี จำนวน 30 คน เริ่ม รับนักศึกษาระดับปริญญาโทในปีพ.ศ. 2544 และระดับปริญญาเอกในปี 2547 ภาควิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์ปรับโครงสร้างการบริหารเป็นสาขาวิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์ในปีพ.ศ. 2564  ปัจจุบันรับนักศึกษาในระดับปริญญาตรี โท และเอก

ประวัติโดยสังเขป

2531 เริ่มก่อตั้งโครงการจัดตั้งภาควิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์
2532   เปิดสอนหลักสูตรต่อเนื่อง 2 ปี วิศวกรรมศาสตรบัณฑิต สาขาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์ โดยรับบัณฑิตที่จบการศึกษาจากสาขาวิชาอื่นเพื่อต่อยอดทางการศึกษา 1 รุ่น 
2532  เปิดสอนหลักสูตรวิศวกรรมศาสตรบัณฑิตสาขาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์ หลักสูตร 4 ปี 
2535 ได้รับการจัดตั้งเป็นภาควิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์
2544 เปิดสอนหลักสูตรวิศวกรรมศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์ 
2545 เปิดสอนหลักสูตรวิศวกรรมศาสตรบัณฑิต สาขาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์ วิทยาเขตภูเก็ต
2547 เปิดการเรียนการสอนหลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์
2561 รับนักศึกษาหลักสูตรวิศวกรรมศาสตรบัณฑิต สาขาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์ ณ วิทยาเขตภูเก็ต เป็นรุ่นสุดท้าย 
2564 เปิดสอนหลักสูตรวิศวกรรมศาสตรบัณฑิต สาขาวิศวกรรมปัญญาประดิษฐ์
2564 ปรับโครงสร้างการบริหารเป็นสาขาวิชาในสังกัดคณะวิศวกรรมศาสตร์